A son origine, l'école Françoise d'Amboise se trouvait dans le centre de Vannes. Elle fonctionnait sous un contrat simple avec l`état.
A la périphérie de la ville dans le quartier de Ménimur, en 1969 se construit l'école Jean XXIII dirigée par les soeurs de Saint-Jacut. Le nombre d`enfants augmentant et le nombre de professeurs étant alors insuffisant, l'école Jean XXIII commence à avoir quelques problèmes d'ordre matériel et fermera ses portes en 1970.
A la même époque, dans le centre de Vannes, l'école Françoise d`Amboise voit arriver la concurrence avec l'ouverture de plusieurs autres écoles primaires. L'école Jean XXIII fermant ses portes, un transfert de contrat est alors décidé dans ses murs. Le transfert de ce contrat permet d'accueillir le nombre important d'enfants qui afflue à cette époque dans un quartier en pleine expansion.
Au fil des années, l'établissement évolue, au gré des travaux et des changements de directeurs.
En 1973, une deuxième aile vient s`ajouter au premier bâtiment d'origine.
Ensuite le préau déjà existant sera fermé pour le transformer en grande salle pour diverses occupations. Dans la cour de récréation, des installations de jeux seront construites.
En 1990, d'autres travaux sont mis en route ; cette fois c'est pour agrandir la cantine.
En 1995, le directeur Monsieur Michel RIO étant parti, sa succession est assurée par MonsieurJean-Yves LE BOUEDEC.
En 1996, de nouveaux travaux sont entrepris pour agrandir et améliorer les locaux.
En 2005, Monsieur Loïc LE TOUZO devient directeur de l'école Françoise d`Amboise.
Depuis septembre 2006, une filière bilingue français/breton a été créée.
En septembre 2011, l'école est dirigée par Madame Hélène BELLEC CHAMPAGNE.
En septembre 2015, Madame Patricia ROUX devient directrice de l'établissement.
Depuis septembre 2021, Madame Marina BOURHIS dirige l'école Françoise d'Amboise.
